Sejarah pemerintahan Kabupaten Kepulauan Anambas tidak terlepas dari sejarah Kabupaten Kepulauan Riau (sekarang Kabupaten Bintan), yang hingga saat ini Kabupaten Kepulauan Riau telah dimekarkan menjadi 6 Kabupaten yaitu : Kabupaten Bintan, Kabupaten Karimun, Kabupaten Natuna, Kota Tanjung Pinang, Kabupaten Lingga, dan Kabupaten Kepulauan Anambas.
Kabupaten Kepulauan Anambas atau gugusan kepulauan Anambas sendiri pada masa pemerintahan kolonial belanda pernah menjadi pusat kewedanaan yakni berpusat di Tarempa. Ketika itu, Tarempa adalah pusat pemerintahan di pulau tujuh termasuk wilayah Kabupaten Kepulauan Anambas yang disebut district dan Jemaja wilayahnya disebut Onderdistrict dengan ibukota Letung.
Berdasarkan Surat Keputusan Delegasi Republik Indonesia tanggal 18 Mei 1956, Provinsi Sumatera Tengah menggabungkan diri ke dalam Wilayah Republik Indonesia, dan Kepulauan Riau diberi status Daerah Otonomi Tingkat II yang dikepalai Bupati sebagai kepala daerah yang membawahi 4 kewedanaan sebagai berikut:
-
Kewedanaan Tanjungpinang, meliputi Bintan Selatan (termasuk Bintan Timur, Galang, Tanjungpinang Barat dan Tanjungpinang Timur).
-
Kewedanaan Karimun, meliputi wilayahKecamatan Karimun, Kundur dan Moro.
-
Kewedanaan Lingga, meliputi Lingga, Singkep dan Senayang.
-
Kewedanaan Pulau Tujuh, meliputi Siantan, Jemaja, Midai, Serasan, Tambelan, Bungguran Barat dan Bungguran Timur.
Berdasarkan Surat Keputusan Gubernur Kepala Daerah Tingkat I Riau tanggal 9 Agustus 1964 No. UP / 247 / 5/ 1965, terhitung 1 Januari 1966 semua daerah administratif kewedanaan dalam Kabupaten Kepulauan Riau dihapus.
Berdasarkan Undang-Undang No. 53. Tahun 1999 tentang Pembentukan Kabupaten Pelalawan, Kabupaten Rokan Hulu, Kabupaten Rokan Hilir, Kabupaten Siak, Kabupaten Karimun, Kabupaten Natuna, Kabupaten Kuantan Singingi dan Kota Batam. Kabupaten Natuna terdiri atas 6 Kecamatan yaitu Kecamatan Bungguran Timur, Bungguran Barat, Jemaja, Siantan, Midai dan Serasan dan satu Kecamatan Pembantu Tebang Ladan.
Seiring dengan kewenangan otonomi daerah, Kabupaten Natuna kemudian melakukan pemekaran daerah kecamatan, yang hingga tahun 2008 menjadi 17 kecamatan dengan penambahan, Kecamatan Palmatak, Subi, Bungguran Utara, Pulau Laut, Pulau Tiga, Bunguran Timur Laut, Bunguran Tengah, Siantan Timur, Siantan Selatan, Jemaja Timur dan Siantan Tengah. Seiring dengan pemekaran kecamatan yang bertujuan untuk memperpendek rentang kendali, muncul aspirasi untuk menjadikan Gugusan Kepulauan Anambas sebagai daerah otonom tersendiri.
Melalui perjuangan yang cukup panjang baik di Pusat maupun di daerah, Kabupaten Kepulauan Anambas akhirnya terbentuk melalui Undang-Undang No. 33 Tahun 2008 tanggal 24 Juni 2008. Kabupaten Kepulauan Anambas terdiri dari 6 Kecamatan yaitu Kecamatan Siantan, Kecamatan Siantan Timur, Kecamatan Siantan Selatan, Kecamatan Palmatak, Kecamatan Jemaja dan Kecamatan Jemaja Timur. Ditambah dengan 1 Kecamatan yaitu Kecamatan Siantan Tengah yang dibentuk berdasarkan Keputusan Bupati Kabupaten Natuna Nomor 17 Tahun 2008 dengan cakupan wilayah administrasi Desa Air Asuk, Desa Air Sena dan Desa Teluk Siantan.
Kabupaten Kepulauan Anambas terletak antara 2°10’0″ – 3°40’0” LU s/d 105°15’0” – 106°45’0” BT (Sumber: UU No 33 Tahun 2008). Sebagai wilayah kepulauan, Kabupaten Kepulauan Anambas memiliki karakteristik yang berbeda dengan wilayah lainnya, hal ini dikarenakan sebagian besar wilayahnya terdiri dari lautan dan pulau-pulau yang tersebar di Perairan Laut Natuna dan Laut Cina Selatan. wilayah adminstrasi Kabupaten Kepulauan Anambas menurut UU No 33 Tahun 2008 yang memuat pulau-pulau besar dan kecil serta pulau terluar dengan batas wilayah adalah :
-
Sebelah Utara : Laut Cina Selatan
-
Sebelah Selatan : Kepulauan Tembelan
-
Sebelah Barat : Laut Cina Selatan
-
Sebelah Timur : Laut Natuna
Dari hasil verifikasi penamaan pulau yang dilakukan oleh Direktorat Jenderal Pemerintahan Umum Departemen Dalam Negeri, Kabupaten Kepulauan Anambas mempunyai 238 buah pulau, termasuk di dalamnya 5 pulau terluar yang berbatasan langsung dengan negara tetangga. Pulau-Pulau tersebut satu dengan yang lainnya dihubungkan oleh perairan. Pada gugusan beberapa pulau kondisi daratannya berbukit-bukit dan landai di bagian pantainya. Dari sejumlah pulau yang ada sekitar 26 pulau berpenghuni dan 212 pulau belum berpenghuni, termasuk didalamnya 5 pulau terluar.
