Dalam menjalankan tugasnya, ada tiga jenis pemeriksaan yang dilaksanakan oleh BPK, yaitu: pemeriksaan keuangan, pemeriksaan kinerja, dan pemeriksaan dengan tujuan tertentu.
Pemeriksaan keuangan adalah pemeriksaan atas laporan keuangan yang bertujuan memberikan keyakinan yang memadai (reasonable assurance) bahwa laporan keuangan telah disajikan secara wajar dalam semua hal material, sesuai dengan prinsip akuntansi yang berlaku umum di Indonesia atau basis akuntansi komprehensif selain prinsip akuntansi yang berlaku umum di Indonesia. Pemeriksaan keuangan yang dilakukan oleh BPK adalah pemeriksaan atas Laporan Keuangan Pemerintah Pusat (LKPP) dan Laporan Keuangan Pemerintah Daerah (LKPD).
Pemeriksaan kinerja adalah pemeriksaan atas pengelolaan keuangan negara yang terdiri atas pemeriksaan aspek ekonomi dan efisiensi, serta pemeriksaan aspek efektivitas. BPK melaksanakan pemeriksaan kinerja pengelolaan keuangan negara dengan maksud mengidentifikasi dan menemukan permasalahan yang ada pada pengelolaan kegiatan entitas yang diperiksa. Selanjutnya, BPK dapat memberikan rekomendasi yang berguna untuk meningkatkan kinerja entitas. Dalam melakukan pemeriksaan kinerja, selain menilai aspek ekonomi, efisiensi, dan efektivitas (3E), pemeriksa juga menguji sistem pengendalian intern serta kepatuhan terhadap peraturan perundang-undangan. Tujuan pemeriksaan kinerja adalah menilai aspek ekonomi, efisiensi, dan/atau efektivitas program/kegiatan. Manfaat pemeriksaan kinerja yang dilakukan secara objektif dan sistematik menggunakan berbagai macam bukti, untuk menilai secara independen terhadap kinerja program/kegiatan entitas yang diperiksa. Hasil pemeriksaan kinerja dituangkan dalam Laporan Hasil Pemeriksaan (LHP) yang memuat temuan, simpulan, dan rekomendasi.
Pemeriksaan dengan tujuan tertentu (PDTT) PDTT adalah pemeriksaan yang dilakukan dengan tujuan khusus, diluar pemeriksaan keuangan dan pemeriksaan kinerja. Termasuk dalam PDTT ini adalah pemeriksaan atas hal-hal lain yang berkaitan dengan keuangan dan pemeriksaan investigatif. PDTT bisa bersifat eksaminasi (pengujian), reviu, atau prosedur yang disepakati (agreed upon procedures). Hasil pemeriksaan dengan tujuan tertentu dituangkan dalam laporan hasil pemeriksaan (LHP) yang memuat temuan, kesimpulan, dan rekomendasi. Sesuai dengan tujuan pemeriksaannya, hasil PDTT disajikan dalam 2 kategori, yaitu sistem pengendalian intern (SPI) dan kepatuhan terhadap peraturan perundangan-undangan.
