Sejalan dengan perkembangan sejarah Indonesia, BPK Rl juga mengalami berbagai perkembangan. Sekitar 30 tahun setelah lembaga tinggi negara yang bernama Badan Pemeriksa Keuangan dan yang dulu dikenal dengan singkatan Bepeka ini hijrah dari Yogyakarta ke Bogor dan kemudian ke Jakarta. BPK Rl baru mempunyai satu perwakilan Bepeka, yang kemudian dikenal dengan nama Perwakilan Bepeka Wilayah II di Yogyakarta. Selanjutnya pada usianya yang ke 34, Bepeka mulai mengembangkan sayapnya untuk mengimbangi tuntutan akan peningkatan mutu hasil pemeriksaan. Sesuai dengan Amandemen Ketiga Undang-Undang Dasar Negara Republik Indonesia Tahun 1945 Bab VIII A Pasal 23 G yang menyatakan bahwa Badan Pemeriksa Keuangan Berkedudukan di ibukota negara dan memiliki perwakilan di setiap provinsi, maka pada tahun 2007 dibentuk Perwakilan BPK RI di Tanjungpinang yang berlokasi di Batam berdasarkan Keputusan Ketua BPK Rl No. 34/K/I-VIII.3/6/2007 tentang Struktur Organisasi Badan Pemeriksa Keuangan Republik Indonesia dan Keputusan Badan Pemeriksa Keuangan Republik Indonesia Nomor 39/K/I-VIII.3/7/2007 Tentang Organisasi dan Tata Kerja Pelaksana Badan Pemeriksa Keuangan republik Indonesia. Perwakilan BPK RI di Tanjungpinang diresmikan pada tanggal 29 November 2007.
Pada perkembangannya, Pewakilan BPK RI di Tanjungpinang beberapa kali mengalami perubahan nama. Sesuai dengan Keputusan Ketua Badan Pemeriksa Keuangan Republik Indonesia No. 01/K/I-XIII.2/1/2009 tanggal 13 Januari 2009 tentang Nama Perwakilan Badan Pemeriksa Keuangan Republik Indonesia, Perwakilan BPK RI di Tanjungpinang berubah menjadi BPK RI Perwakilan Provinsi Kepulauan Riau. Nama tersebut masih digunakan sampai sekarang.
Sebelum Perwakilan BPK RI Perwakilan Provinsi Kepulauan Riau diresmikan, Provinsi Kepulauan Riau dan Provinsi Riau berada dibawah Perwakilan BPK RI Perwakilan Sumatera Utara yaitu Subauditorat Kepulauan Riau, Sumatera Barat dan Riau. Setelah Peresmian BPK RI Perwakilan Provinsi Riau wilayah Provinsi Kepulauan Riau masih masuk wilayah pemeriksaan Pekanbaru. Barulah diresmikan BPK RI Perwakilan Provinsi Kepulauan Riau pada tanggal 29 November 2007 dengan wilayah pemeriksaan yang terdiri dari 1 (satu) pemerintah provinsi, 6 (enam) pemerintah kabupaten/kota, 1 (satu) BUMD dan Badan Otorita Batam.
Memasuki tahun kelima sejak berdirinya BPK RI Perwakilan Provinsi Kepulauan Riau, Kantor perwakilan yang terletak di Jalan Engku Putri (sekarang Jalan Raja Isa) Batam Center diresmikan penggunaannya oleh Ketua BPK RI Drs. Hadi Pernomo, Ak, pada tanggal 13 Maret 2012. Gedung perwakilan BPK RI Perwakilan Provinsi Kepulauan Riau yang telah diresmikan memiliki luas tanah 6000 m2 dengan luas bangunan 3506m2.
Sejak tahun 2015 jumlah entitas pemeriksaan pemerintahan daerah di Provinsi Kepulauan Riau terdiri dari 8 (delapan) entitas.
- Provinsi Kepualauan Riau
- Kota Batam
- Kota Tanjungpinang
- Kabupaten Bintan
- Kabupaten Karimun
- Kabupaten Lingga
- Kabupaten Natuna
- Kabupaten Kepulauan Anambas
